中医认为，人体是一个有机整体，脏腑有病，功能紊乱时，可运用五行学说的相关理论进行分析，作为诊断、治疗防治的主要依据之一。通过分析脏腑之间的病理影响及传变规律，适当调整其相应的脏腑关系，从而达到控制病机传变、治疗疾病的目的。
一、在疾病诊断中的应用
1.指导疾病定位。
临床上根据五行归类的理论，根据患者的主的色、味、脉等外在的表现，进行五脏定位诊断。如在诊断本脏病中，面见青色，喜食酸味，脉见弦象，可以诊断为肝病；面见赤色，口味苦，脉象洪，可以诊断为心火亢盛。
2.判断传变趋势。
临床上根据五行的生克乘侮理论，从色、味、脉来判断五脏疾病的传变情况。如脾虚病人，面见青色，见弦脉，为肝病传脾（土虚木乘）；肺病之人，面见红色，见洪脉，为心病传肺（火乘金）；心脏病人，面见黑色，脉沉紧，为水乘火等。五脏中任何一脏有病，都可以传及其他四脏，存在着相乘、相侮、母病及子和子病及母等传变关系。
3.推测预后转归
临床上根据五行的生克乘侮理论，判断疾病的预后。《医宗金鉴·四诊心法》指出：“色脉相合，已见其色，不得其脉，得克则死，得生则生。”即色脉相符，为病情发展正常；脉克色为逆；脉生色为顺。如肝病面色青，见弦脉，为色脉相符。如不见弦脉，反见浮脉，则属相克之脉，即克色之脉（金克木），为逆，易预后不良；若见沉脉，则属相生之脉，即生色之脉（水生木），为顺，易预后良好。其他四脏亦可据此判断。
需要注意的是，对于五行学说不能机械的应用，如出现了五行指征，可用于参考；如没有，可不依赖。比如面色青，喜吃酸，伴随消化系统的症状如腹胀、纳呆、大便溏泻等。青色、酸味属肝系统，虽然消化症状没有五行指征，但是消化功能属于脾系统，那么初步判断为肝气犯脾。
二、在疾病治疗中的运用
根据五行学说中人体在病理情况下脏腑间可以互相影响的理论，在治疗时除了对病变的本脏进行处理外，还应考虑到其他相关的脏腑，并调整其关系，控制其传变，以达到治疗的目的。
1.根据相生规律确定治疗原则和方法。
多用于母病及子或子病及母（即子盗母气）等病证。《难经·六十六难》说：“虚则补其母，实则泻其子。”故其基本治则，即是补母或泻子。
“
虚则补其母
”，分两种情况。一是一个脏虚，除补本脏外，加补其母脏。如心血虚，除补心血外，根据母能生子的关系，加上补肝血，尽管肝没病。二是两脏同虚，治疗时两脏并补，以母脏为主。如心肝血虚，符合母子关系，治疗时以肝为主，补肝血有助于生心血。
“
实则泻其子
”，也同样道理。一是一个脏过盛，清本脏的同时加泻其子。如肝火盛，就清肝火，但是木生火，肝火容易引起心火，可以加点泻心火的药，重心仍在清肝火。二是两脏过盛，则两脏同泻，以泻子为主。如心肝火旺，以泻心火为主，因为泻肝火有助于心火。
根据相生规律确定的治法主要有滋水涵木、益火补土、培土生金、金水相生等。滋水涵木法是通过滋肾阴，以养肝阴，主要用于肾阴亏虚而致肝阴不足、肝阳偏亢之证。益火补土法是温肾阳以补脾阳的治法，主要用于肾阳衰微而致脾阳不振的病证。金水相生法主要通过养肺阴以滋肾阴，主要用于肺虚不能布津以滋肾，或肾阴亏虚，不能上荣于肺，而致肺肾阴虚的病证。培土生金法通过健脾气以补肺气，主要用于脾胃不足，生化减少，肺气失养的肺脾气虚证。
2.根据相克关系来确定治疗原则和方法。
相克关系失常中的乘侮关系，因一方太强或另一方太弱所致。多采用“
抑强扶弱
”法，即泻其克者之强，补其被克者之弱。所谓抑强，主要适用于因相克或反侮太过所形成的病证。如肝气横逆犯胃或肝乘脾，所出现的肝胃不和或肝脾不和病证，即木旺乘土。通常治以疏肝平肝，以泻肝木之强，同时健脾补脾以扶脾土之弱。
根据五行相克规律确定的治法，主要有抑木扶土、培土制水、佐金平木、泻南补北等方法。抑木扶土法是以疏肝、健脾、和胃来治疗肝脾不调或肝气犯胃病证的治法，主要用于木旺乘土或土虚木乘之证。培土制水法是补脾利水以治水湿停聚的治法，主要用于脾虚不运，水湿泛溢而致水肿胀满的证候。佐金平木法以泻肝清肺治疗肝火犯肺病证的治法，主要用于肺阴不足，肝火上逆犯肺之证。泻南补北法指泻心火滋肾阴以治心肾不交病证的治法，主要用于肾阴不足，心火偏旺，水火不济，心肾不交之证。
3.指导针灸取穴。
人体有十二正经，都与脏腑联络，比如一脏配一经，一腑配一经。脏腑、经络都有五行，如心经属火，脾经属土，肾经属水等。
每条经上的穴位，有部分是有五行归属的。一般这种有五行归属的穴位，多在肘关节以下或膝关节以下，称五腧穴。一条经络上面有木火土金水的穴位，是五行互藏的体现。
取穴时，可依据五腧穴的五行属性及其生克关系来进行取穴治疗。经有五行，其穴亦有五行，如取穴时取火经的火穴，火经的木穴，火经的水穴等，就是根据五行取穴。
4.指导脏腑用药。
中医认为同一行具有某种色、味的药物，常常与同一行的脏腑存在某种“亲和”关系，并能调整该类脏腑的功能。具体来说色青、味酸的药物，作用于肝系统，色赤、味苦的药物，作用于心系统，色黄、味甘的药物作用于脾系统，色白、味辛的药物作用于肺系统，黑色、味咸的药物作用于肾系统。
当然中药不能以单一因素来考量，颜色只是其中一种。比如甘草，甘味入脾，性平归脾，黄色入脾，质地疏松也指向脾，所以甘草属于最有代表性的入脾的药物之一。药物的质地、性状、颜色、部位、生长季节、生长的地区不同，药性也会不一样。比如当归，当归四川产的以活血为主，中原产的就以补益为主。
任何脏腑的阴或阳的变化，都会涉及与之有关的其他脏腑阴或阳的变化。如肾阴虚常引起肝阳亢，这就包含了五行生克乘侮的关系。阴阳五行学说的结合，不仅可以说明事物矛盾双方的一般关系，还可以说明事物间相互联系、相互制约等较为具体和复杂的关系，从而有利于解释复杂的生命现象和病理过程。
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